第二次世界大战期间，澳大利亚参加了反法西斯同盟各国在太平洋地区抗击日本侵略的战争，在这次战争中，澳军曾单独地或同美军联合对日军作战，澳大利亚因而发挥了西南太平洋地区战略反攻基地的重大作用。

战后初期，澳大利亚同日本之间的经济贸易往来很有限。20世纪60年代中期以后，日本逐渐取代英国，成为澳大利亚的主要贸易伙伴，是澳农、畜、矿产品的重要市场。由于经贸关系逐渐密切，澳大利亚同日本之间的政府和民间往来也旧渐频繁，近二三十年来，在前往澳大利亚的旅游者中，日本人很多。

澳大利亚同日本之间，目前没有军事合作关系，但看来美国想鼓励分别同它有军事联系的澳大利亚和日本建立这种关系。据传媒报道，前日本首相桥本龙太郎在1997年月访间澳大利亚期间，曾提议“一步一步地”建立日澳安全合作方面的相互信任关系，当时，澳联邦总理霍华德曾表示愿意在这方面同日本一起前进，但认为“戏剧性地合作”是不可取的。